Marcus Antonius soll in erster Ehe mit Fadia, der Tochter Quintus Fadius Gallus, verheiratet gewesen sein. Genaueres über diese Ehe ist nicht bekannt. Auch ist nicht gesichert, ob es diese Ehe überhaupt so gab.
Seine zweite Ehefrau soll Antonia, die Tochter des römischen Konsuls Gaius Antonius Hybrida gewesen sein. Aus dieser Ehe ging die gleichnamige Tochter Antonia hervor. Von seiner zweiten Frau ließ er sich jedoch scheiden, da er ihr Ehebruch mit dem Volkstribunen Publius Cornelius Dolabella vorwarf.
Anschließend heiratete Marcus Antonius 45 v. Chr. Fulvia, die als sehr emanzipiert galt. Diese war zuvor mit seinen Freunden Publius Clodius Pulcher und Gaius Scribonius Curio verheiratet. Zu ihr soll er anfangs eine sehr leidenschaftliche Beziehung gepflegt haben. Beide hatten zusammen zwei Söhne, Marcus Antonius Antyllus (45 v. Chr. bis 30 v. Chr., wurde auf Befehl von Octavian nach dem Tode von Marcus Antonius ermordet) und Iullus Antonius (42v. Chr. bis 2 v. Chr.). Später war seine dritte Ehefrau aufgrund der vielen Affairen von Marcus Antonius sehr gekränkt. Fulvia starb 40 v. Chr. in Sikyon.
In vierter Ehe heiratete er nach der Versöhnung mit Octavian dessen Schwester Octavia Minor, welche sich auch um die beiden Söhne aus der Ehe mit Fulvia kümmerte. Mit ihr zeugte er zwei Töchter, Antonia die Ältere und Antonia die Jüngere (36 v. Chr. bis 37 n. Chr.).
Seine fünfte und letzte Ehefrau war Cleopatra, mit der er die drei Kinder Alexander Helios, Kleopatra Selene und Ptolemaios Philadelphos hatte.